有关进化论之争的六个焦点，达尔文晚年推翻进化论( 三 ) _进化论

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后来在1851年，他的女儿安妮去世之后，达尔文的信仰就减少了，并且比较倾向怀疑主义了。当他被问及他的宗教取向时，他指出他从来不是无神论，但不可知论是对他的心思更准确的描述。达尔文在自传里亦曾表示，福音书的真确性存疑，他也没有充足证据相信基督教是神的教义。
1951年的时候，一份美国报章第一次发表的作者不详的文章《The Lady Hope Story》，作者提出达尔文老年在病榻时再度信奉基督教，却被达尔文的子孙及历史学家否认。他的女儿表示，达尔文并未再信奉基督教，这只是那些创造论的拥护者为了宣传创造论而使用的一些手段而已。

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达尔文认为进化论有缺陷
在达尔文的《物种起源》当中，他提出了一个理论，认为有机体和器官都是在不断的发展的。并且还提供了一个测试来检验这个理论是一个伪理论：“如果我们可以证明任何复杂器官的存在，他们可能不是经过无数连续的细微修正形成的，我的理论绝对会崩溃。”
而从21世纪经过对细胞和分子生物学的不断深入研究发现，每一个细胞都不能通过达尔文的测试。因为每一个器官要想发挥功效，要依赖于复杂的生物结构。即使是生物大分子本身也具有不能逐渐增加的复杂性。

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于是，达尔文的进化论出现了一个缺陷，它无法解释分子生物学不可简化的复杂性。这本身不仅表现在分子水平上，还有生命的起源，真核细胞，性别，以及化石记录中突然出现的新形式 — 所有这些都与整个的达尔文模式完全相反。
但是达尔文的理论在那些在生物形态学水平上与自然选择的运作有关的事实上，它是最有可能接近正确解释的理论，于是依旧在科学界被广泛的接受。