明正德八年(1513年)，四川巡抚林浚以公孙述为“叛逆者”，不可立庙，毁公孙述像，另祭祀江神、土地神和汉伏波将军马援像，改称“三功祠” 。
明嘉靖十一年(1532年)，四川巡抚朱廷立改祀刘备、诸葛亮，更名“义正祠” 。
明嘉靖三十六年(1557年)，四川巡抚段锦增塑关羽、张飞及诸葛亮祖孙三代像 。取“明君良臣，千秋垂范”之意，改名“明良殿” 。
清同治十年(1871年)，奉节知县吕辉重修白帝庙，形成如今的格局 。

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