贝加尔湖还有许多未解之谜 。例如，湖水一点不咸，也就是说它与海洋不相通，但却生活着地地道道的海洋生物，海豹、海螺、海鱼和龙虾 。在贝加尔湖里生活着世界上唯一的淡水海豹 。冬季时，海豹在冰中咬开洞口来呼吸，由于海豹一般是生活在海水中的，人们曾认为贝加尔湖由一条地下隧道与大西洋相连 。实际上，海豹可能是在最后一次冰期中逆河而上来到贝加尔湖的 。又如贝加尔湖里长有热带的生物，像贝加尔湖藓虫类动物，其近亲就生活在印度的湖泊里，贝加尔湖水蛭在我国南方淡水湖里才能见到，贝加尔湖蛤子，只生存在巴尔干半岛的奥克里德湖 。
如此美丽神秘的贝加尔湖也有许多值得科学家前去探索发现之处 。来自中国科学院的消息说，2005年8月初中俄科学家就联合对这个世界上最深湖泊的环境演化进行了科考研究 。
“天然实验室”之称的贝加尔湖是由欧亚板块和印度板块碰撞产生的，湖底积累了大量沉积物，其中的硅藻类植物残骸和冻结的沼气是研究亚欧大陆古气候、古环境，掌握全球气候变化规律的宝贵资源 。此外，考虑到贝加尔湖及其所在的西伯利亚地区被公认为全球气候和环境变化的敏感区之一，西伯利亚冷高压对我国北方地区的气候影响极大，因此可以对其生态变化对华北地区可能产生的影响做出评估 。这一世界上最深的湖泊已成为科学界共同关注的焦点 。
贝加尔湖水怪之谜
一提到贝加尔湖，第一个想到的就是贝加尔湖水怪 。
贝加尔湖是世界上最古老的湖，迄今有2500万年历史；也是世界上最深的湖，其平均深度730米，最大深度为1642米；还是世界上蓄水量最大的淡水湖，其总蓄水量23600立方千米，相当于北美洲五大湖蓄水量的总和，约占全球淡水总蓄水量的1/5；同时是世界上拥有濒临灭绝的特有动植物最多的湖，有848种动物和鱼类，133种植物濒临灭绝 。
贝加尔湖是亚欧大陆上最大的淡水湖，也是世界上最深和蓄水量最大的湖 。尽管湖面平静，却时有起雾的天气，加上湖的深度，让人们不知不觉间产生了诸多联想，其中最著名的就是贝加尔湖水怪，和尼斯湖水怪同样被人们关注、猜测 。
作为地壳变迁的产物之一，贝加尔湖被认为有可能存在远古生物，这也同样是贝加尔湖水怪的来源 。但是同尼斯湖水怪一样，至今没有确切的证据和足够清晰的照片表明它们的存在 。