1622年奢崇明围攻成都，巡抚朱燮元传令各路土司前往支援 。“诸土司皆贪贼赂，逗遛不进”，唯独秦良玉率军西进，才解了成都之围 。此后秦良玉率领军攻克二郎关、佛图关，收复重庆 。朝廷封她为都督佥事、总兵官 。秦良玉益加感奋，此后又攻克红崖墩、观音寺、青山墩，最终将奢崇明之乱平定 。
不过明军临阵怯敌以及对土司的不信任，令秦良玉十分恼火，为此她曾上疏“未睹贼面，攘臂夸张，及乎对垒，闻风先遁 。败于贼者，唯恐人之胜；怯于贼者，唯恐人之强 。如总兵李维新，渡河一战，败衄归营，反闭门拒臣，不容一见 。以六尺躯须眉男子，忌一巾帼妇人，静夜思之，亦当愧死 。”为此皇帝也曾下诏，命文武大吏以礼相待，不得疑忌 。
1630年后金军攻入关内，先后占领永平四城，兵临北京城下，崇祯帝急忙下诏征集天下兵马勤王 。奉诏后秦良玉火速率军北上，并出家财以用军饷 。秦良玉抵达北京后，崇祯帝亲自在平台召见，“赐良玉彩币羊酒，赋四诗旌其功” 。永平四城收复后，秦良玉南归，她的侄子率军驻守近畿 。
此时各路的农民起义已成星火燎原之势，自此秦良玉“不复援剿，专办蜀贼” 。1634年张献忠率部入川，攻陷夔州，围攻太平 。秦良玉奉命率军驰援，结果张献忠不战而逃 。秦良玉率军追击，与儿子马祥麟前后夹击，大败张献忠所部 。
1640年 “流寇”罗汝才（实力仅次于李自成、张献忠）进犯夔州，得知秦良玉到来后，不战而逃 。秦良玉追至马家寨，大破罗汝才所部，斩首六百级 。秦又继续追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭等地击败罗汝才，擒斩其首领东山虎、副塌天，夺得罗汝才的大纛旗，自此罗汝才的势力一蹶不振 。
但由于明朝对张献忠部的纵容，致使他的势力迅速壮大 。同年崇祯帝派遣大学士杨嗣昌入川，督师征剿张献忠 。志大才疏的杨嗣昌反而驱贼入川，而四川巡抚邵捷春仅有弱卒2万，“所倚惟良玉及张令二军” 。邵捷春虽然器重秦良玉，但却不懂兵法，他拒绝秦良玉扼守险要的提议，反而将秦调至重庆附近 。
同年10月张献忠先率部先后在观音岩、三黄岭大破官军 。秦良玉与张令急忙率军扼守竹箘坪，但明军寡不敌众且不占地利，结果张令战死，秦良玉所部三万人也损失殆尽 。秦良玉见形势危急，便向巡抚邵捷春建议：“事急矣，尽发吾溪峒卒，可得二万 。我自廪其半，半饩之官，犹足办贼 。”邵捷春望了那一眼空空如也的官仓，无奈的拒绝了她 。秦良玉叹息而去 。
回到石砫的秦良玉，得知自己的一个族人，名叫秦缵勋的，曾在流寇中担任头目，被官军俘获后，杀狱卒而逃 。秦良玉立即将他抓捕，献给朝廷处置 。1643年张献忠占领武昌，图谋入川 。秦良玉将四川的形势化成图，呈现给四川巡抚陈士奇，请求他发兵扼守十三处险要之地，但陈士奇没有采用 。秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃虽然同意她的计策，但手中却无兵可派 。
1644年张献忠率领十几万大军进犯夔州，秦良玉驰援，怎奈众寡不敌 。不久后，李自成攻陷北京，张献忠攻占成都 。面对大明国破的情况，秦良玉召集部众，慷慨陈词：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆贼哉！”与部众约定“有从贼者，族无赦！”，同时分兵守四境 。张献忠占领四川后，派遣使者招降各地的土司，唯独不敢进入秦良玉的境内 。
1648年执掌石砫宣抚使36年的一代女将秦良玉寿终正寝，时年75岁 。去世时她的官职为上柱国、光禄大夫、镇守四川等处地方提督、汉土官兵总兵官、挂镇东将军印、中军都督府左都督、太子太保、忠贞侯 。其后他的儿子马祥麟继承土官职位，马氏家族世代相承，直到1949年解放为止 。

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