有些会计核算方法可以由企业根据自身的情况选择，会计核算上不同处理方法产生的资料会有差别 。例如存货计价，在物价变动时，先进先出法与后进先出法计价确定的期末存货余额和有关费用额是不同的 。
固定资产采用直线法计提折旧和采用加速折旧法计提折旧，年折旧费也不同 。企业长期投资采用成本法或采用权益法确认的投资收益也不一样 。
因此，如果企业前后时期会计方法改变，对前后时期财务报表分析就有影响 。同样，一个企业与另一个企业比较，如果两企业对同一会计事项的会计处理采用的方法不一样，资料可比性也会降低 。
【研究局限性怎么写】因此，财务报表分析一定重视附注等资料的作用，了解企业使用的是哪种方法，有无变更等，从而尽量避免因此对财务报表分析产生的不利影响 。2、报表分析方法选择的影响 。
从会计报表分析方法中的指标分析来看，某些指标的计算方法也会给不同企业之间的比较带来不同程度的影响 。如应收账款周转率、存货周转率等，其平均余额的计算，报表使用者由於资料的限制，往往是用年初数与年末数进行平均 。
这样计算的应收账款余额和存货余额，对於经营业务在一年内较平均的企业而言基本上符合实际情况，但在季节性的企业或单月变动情况较大的情况下，就会偏离实际 。如期初、期末正好是经营旺季，其平均余额会过大，如是淡季，则又会偏小，从而影响指标的准确性，进而影响财务报表分析的品质 。
二、比较基础问题 现实中，财务报表分析、指标评价往往要与其他企业及行业平均指标比较才有意义 。但企业自身不同的情况，如环境影响、企业规模的差别，有时会使得财务报表分析中相关资料的比较基础存在各自的局限性 。
1、横向比较的局限性 。横向比较时往往使用同业标准，而行业平均指标多是各种情况的综合和折衷，只起一般性指导作用，不一定有代表性，不是合理性标志 。
采用不同的财务政策的公司可能会包括在同一个行业平均数中；资本集型公司与劳动密集型公司包括在一组内；采用激进财务政策的公司和采用保守财务政策的公司包括在同一平均数中 。还有近年来重视以竞争对手的资料为分析基础，但有的企业多种经营，没有明确的行业归属，同行比较就更困难 。
2、趋势分析的局限性 。趋势分析是以本企业历史资料作为比较基础 。
可是历史资料往往代表过去，并不代表合理性 。企业所处的经营环境是变化的，短期的利润增加也许并不一定说明企业管理上有了改进，也可能是行业大环境变化所致 。
3、实际与计画差异分析的局限性 。实际与计画的差异分析，是以计画预算作比较基础 。
而实际值与预算的差异，有时可能是预算不合理所致，并非执行中的问题，在财务报表分析中必须加以重视，合理分析 。三、财务报表本身的局限性 1、报表资料对未来决策价值的不完全性 。
由於会计报表是按照历史成本原则编制，很多资料不代表其现行成本或变现价值 。通货膨胀时期，有些资料会受到物价变动的影响，由於假设币值不变，将不同时点的货币资料简单相加，使其不能真实地反映企业的财务状况和经营成果，有时难以对报表使用者的经济决策有实质性的参考价值 。
2、缺少反映长期资讯的资料 。由於按年度分期报告，只报告了短期资讯，不能提供反映长期潜力的资讯 。
同时由於报表本身的原因，提供的资料是有限的 。对报表使用者来说，可能不少需用的资讯在财务报告中找不到 。