国有土地使用权转让合同纠纷纠纷双方可以自行协商处理；如果不想协商或者协商不成的 ， 可以由人民政府处理 。如果当事人对有关人民政府的处理决定不服的 ， 可以自接到处理决定通知之日起三十日内 ， 向人民法院起诉 。
【法律依据】
《土地管理法》第十四条 ， 土地所有权和使用权争议 ， 由当事人协商解决；协商不成的 ， 由人民政府处理 。
单位之间的争议 ， 由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议 ， 由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理 。
【国有土地使用权转让合同纠纷该的处理方式是什么】当事人对有关人民政府的处理决定不服的 ， 可以自接到处理决定通知之日起三十日内 ， 向人民法院起诉 。在土地所有权和使用权争议解决前 ， 任何一方不得改变土地利用现状 。

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